Bakteria biasanya dijaga dengan antibiotik manakal virus dirawat dengan sebatian antivirus. Patogen eukariot biasanya tidak mudah terjejas oleh antibiotik dan oleh itu memerlukan ubat yang khusus. Jangkitan banyak patogen boleh dicegah melalui imunisasi. Sejumlah kecil patogen digunakan dalam vaksin untuk mengekalkan imuniti pada tahap optimum serta memperkuatkan sistem pertahanan dalam perut sebagai persediaan terhadap kemungkinan bilangan virus yang lebih banyak masuk ke dalam badan. Kebersihan juga adalah penting sebagai langkah pencegahan daripada jangkitan patogen.